Research Memo: numerical simulation: 2010

2010年12月9日木曜日

大きいファイル(4GB以上)を取り扱う場合

計算結果のデータをコピーしたり，移動するときに，USBメモリや外付けハードディスクを利用することがあると思いますが，1ファイルのサイズが大きいものには注意が必要です．

Windowsで利用されている主なファイルフォーマットには，FAT32，exFAT，NTFSなどがあります．

パソコンに内蔵されたハードディスクは，基本的にNTFSでフォーマットされているため，かなり大きいファイルサイズ（推奨2TBまで）が取り扱えます．

それに対し，USBメモリは，FAT32でフォーマットされており，1ファイルのサイズが4GBまでと制限されています．
外付けハードディスクの中にも，FAT32でフォーマットされているものは，同じ制限があります．
FAT32のメリットは，Win7, Vista, XP, 2000, Me, 98, MacOS10.4以降等の幅広いOSに対応していることです．

格子数が多かったり，出力回数が多いと，1ファイルのサイズが4GB以上になることもあると思います．そのようなファイルを移動したい場合は，exFATまたはNTFSでフォーマットされているディスクを利用して下さい．

exFATは，比較的最近登場した外部メディア用のファイルフォーマットで，Windows7, Vista SP1以降，XP SP3以降(正確には，XP SP2に修正プログラムを当てれば利用できる)で対応しています．
（MacOSは非対応）
exFATでフォーマットするときは，他のパソコンから見られなくなる可能性もあるので，十分注意して下さい．

※フォーマットしたら，当然，中のデータは消去されてしまうので，うっかり大事なファイルを消さないようご注意を．

論文に図を挿入する（LaTeX編）

Clefで出力したビットマップ画像(bmp)をLaTeXに挿入することを想定します．

BMP形式のまま挿入
まず，下準備として，dvioutのインストールディレクトリにあるdviout.defをLaTeXのインストールディレクトリにコピーする．
$DVIOUT/GRAPHICS/dviout.def -> $TEXMF/tex/latex/graphics/へコピー
※$大文字の箇所は環境変数なので，自分の環境でのディレクトリパスに読みかえてください．例えば私の環境では，C:\dviout\GRAPHIC\LATEX2E\dviout.def をC:\usr\local\share\texmf\tex\latex\graphics\　へコピーしました．

プリアンブル：
\usepackage[dviout]{graphicx}

本文：
\begin{figure}
\includegraphics[width=5cm,height=4cm]{image.bmp}
\end{figure}

サイズ指定が必要です．元画像のアスペクト比（縦横比）に応じてサイズ指定してください．

PS形式で出力したものをEPSに変換して挿入
1 ClefからPS（PostScript）形式，Landscape（横置き）に出力します．
2 GSviewでPSファイルを開きます．ファイルを開く際，ページやバウンディングボックスに関するエラーが出ますが，OKを押して続行します．
3 ファイルメニューから[PS to EPS]を選択し，ファイル名を指定します（拡張子はepsとする）．

プリアンブル：
\usepackage[dvips]{graphicx}

本文：
\begin{figure}
\includegraphics[width=5cm]{image.eps}
\end{figure}

サイズは幅のみの指定で大丈夫です．
EPSファイルに変換せず，PSファイルのままでも，バウンディングボックスを明示的に指定すれば挿入できますが，バウンディングボックスの指定が少しややこしいです．

例：
\includegraphics[bb=0 270 488 353,width=5cm]{image.ps}

bb以降の1番目と2番目の数字が画像の左下の座標値（ピクセル），3番目と4番目の数字が右上の座標値になります．

PNG形式に変換して挿入

1 Clefで出力したBMP形式をPNG形式に変換します．ペイントで別名保存するか，MS Office Picture ManagerでエクスポートすることでPNG形式にできます．

2 ebbコマンドであらかじめバウンディングボックスのファイルを作成します．
ebb image.bmp

プリアンブル：
\usepackage[dvipdfm]{graphicx}

本文：
\begin{figure}
\includegraphics[width=5cm]{image.png}
\end{figure}

3 dvioutでPNGファイルを表示させるためにSusie Plug-inの設定をします．
http://cetus.sakura.ne.jp/softlab/software/ifpng.html
から該当ファイルをダウンロードし，spiファイルをdvioutのディレクトリに置きます．

2010年12月5日日曜日

論文に挿入する図の作図（Word編）

Wordで論文を作成するなら，図はWordやPowerPointの図形描画(オートシェープ)で描くとよいと思います．

同じ図形描画の機能でも，凝った図を描きたいときはWordよりPowerPointの方が使い勝手がよいです．
（簡単な図なら，1つのファイルで済むので，Wordで作成した方がよいでしょう．）

PowerPointで作成した図をコピーしてWordに貼り付ける際は，そのまま貼り付けてもよいですが，「形式を選択して貼り付け」から「拡張メタファイル」を選ぶと更によいと思います．

論文は印刷したときにきれいな方がよいので，模式図やグラフ等の図は，ドロー形式（ベクター形式）のものを利用します．
「拡張メタファイル(emf)」や「Windowsメタファイル(wmf)」は，Windowsの標準的なドロー形式ファイルになります．拡張メタファイルの方が新しい形式になります．
このファイルをペイントで修正すると，ビットマップ形式（ラスター形式）になってしまうので，きれいさの点からはあまりお勧めできません．（やむを得ないときやきれいさにこだわらないときはいいですが．）

その他のドロー形式の代表的なものとしては「eps形式」があります．これもWordに取り込むことができますが，Officeをインストールの際に，標準インストールを選んだ人は，追加でグラフィックフィルタを入れる必要があるかもしれません．
http://office.microsoft.com/ja-jp/excel-help/HP005200499.aspx
eps形式は，Windows以外のOSでは標準的なドロー形式なので，これを取り扱うことができるフリーなソフトウェアが豊富にあることが特徴です．
Inkscapeやtgif等が有名です．
http://inkscape.org/
http://bourbon.usc.edu/tgif/

三重大の奥村先生のサイトにドローソフトがリストされています．
http://oku.edu.mie-u.ac.jp/~okumura/texwiki/?%E6%8F%8F%E7%94%BB%E3%83%BB%E3%82%B0%E3%83%A9%E3%83%95%E3%83%84%E3%83%BC%E3%83%AB

写真やClefから出力される流れ場の図などは，ビットマップ形式（ラスター形式）になります．色数が多くグラデーションが多い図はこの形式が適しています．
もし，これらを編集したい場合は，ペイント，Office Picture Manager(Offcieツールの中にある)で行います．
WordやPowerPointの中にも非常に簡単な編集機能（トリミングや輝度調整等）は付いています．
フリーソフトではGimp，Picasa, Pixia，有料ではPhotoshop等が有名です．
しかし，うちの研究室の論文作成においてはほとんど使う場面がないと思われます．

2010年10月2日土曜日

姫野ベンチ

姫野ベンチ：理化学研究所情報基盤センター
http://accc.riken.jp/HPC/HimenoBMT.html

神部勉先生のウェブページ

力学系研究所 IDS
http://www.purple.dti.ne.jp/kambe/

2010年8月24日火曜日

Clefフォーマットのファイルをfortranで読み込む

open(20,file='fort.20',form='unformatted')
do
read(20,iostat=ists) n,time
if(ists /= 0) exit
read(20) (((u(i,j,k),i=1,imax),j=1,jmax),k=1,kmax)
read(20) (((v(i,j,k),i=1,imax),j=1,jmax),k=1,kmax)
read(20) (((w(i,j,k),i=1,imax),j=1,jmax),k=1,kmax)
read(20) (((p(i,j,k),i=1,imax),j=1,jmax),k=1,kmax)
! --- ここに，処理したい文を入れる．例えば，圧力を2倍したり，平均をとったりして，fort.21に書き出すなど．
end do
close(20)