論文に挿入する図の作図（Word編）

Wordで論文を作成するなら，図はWordやPowerPointの図形描画(オートシェープ)で描くとよいと思います．

同じ図形描画の機能でも，凝った図を描きたいときはWordよりPowerPointの方が使い勝手がよいです．
（簡単な図なら，1つのファイルで済むので，Wordで作成した方がよいでしょう．）

PowerPointで作成した図をコピーしてWordに貼り付ける際は，そのまま貼り付けてもよいですが，「形式を選択して貼り付け」から「拡張メタファイル」を選ぶと更によいと思います．

論文は印刷したときにきれいな方がよいので，模式図やグラフ等の図は，ドロー形式（ベクター形式）のものを利用します．
「拡張メタファイル(emf)」や「Windowsメタファイル(wmf)」は，Windowsの標準的なドロー形式ファイルになります．拡張メタファイルの方が新しい形式になります．
このファイルをペイントで修正すると，ビットマップ形式（ラスター形式）になってしまうので，きれいさの点からはあまりお勧めできません．（やむを得ないときやきれいさにこだわらないときはいいですが．）

その他のドロー形式の代表的なものとしては「eps形式」があります．これもWordに取り込むことができますが，Officeをインストールの際に，標準インストールを選んだ人は，追加でグラフィックフィルタを入れる必要があるかもしれません．
http://office.microsoft.com/ja-jp/excel-help/HP005200499.aspx
eps形式は，Windows以外のOSでは標準的なドロー形式なので，これを取り扱うことができるフリーなソフトウェアが豊富にあることが特徴です．
Inkscapeやtgif等が有名です．
http://inkscape.org/
http://bourbon.usc.edu/tgif/

三重大の奥村先生のサイトにドローソフトがリストされています．
http://oku.edu.mie-u.ac.jp/~okumura/texwiki/?%E6%8F%8F%E7%94%BB%E3%83%BB%E3%82%B0%E3%83%A9%E3%83%95%E3%83%84%E3%83%BC%E3%83%AB

写真やClefから出力される流れ場の図などは，ビットマップ形式（ラスター形式）になります．色数が多くグラデーションが多い図はこの形式が適しています．
もし，これらを編集したい場合は，ペイント，Office Picture Manager(Offcieツールの中にある)で行います．
WordやPowerPointの中にも非常に簡単な編集機能（トリミングや輝度調整等）は付いています．
フリーソフトではGimp，Picasa, Pixia，有料ではPhotoshop等が有名です．
しかし，うちの研究室の論文作成においてはほとんど使う場面がないと思われます．